船只作为重要的交通工具和场景元素，分布在多个地图中，承担着连接不同区域或触发特殊剧情的作用。玩家可以通过这些船只前往隐藏地图、完成季节任务或解锁先祖记忆。
墓土地图的右侧渡口是玩家最早接触到的船只之一。进入墓土后，朝着右侧有蘑菇状石柱的方向前进，沿着水边行走即可发现一个渡口，这里停泊着一艘小船。与之互动后，玩家将被送往失落方舟地图，那里有魔法季先祖和光之翼等待探索。这片区域的黑水与沉船场景构成了独特的氛围，是完成季节任务的关键地点。
魔法季的隐藏地图入口同样依赖船只抵达。在暮土初始区域向右行进，穿过风墙后能在桥边找到一艘可乘坐的小船。这艘船会缓慢穿越黑水，带领玩家到达遗忘方舟——一个充满魔法季元素的区域。这里有六位魔法季先祖，玩家可以在此兑换独特的动作和服饰。需乘坐船只时需要耐心等待其靠岸，避免因提前离开而错过目的地。
云野地图中存在着特殊的幽灵船场景。玩家需前往三塔图最左侧的塔附近，通过下遁技巧进入隐藏空间。点燃四根可见蜡烛和两根隐秘蜡烛后，幽灵船会被触发。虽然船只模型不可见，但玩家能跟随其移动轨迹，体验独特的场景互动。这种设计展现了游戏在环境叙事上的巧思，为探索增添了神秘感。
遇境左侧的湖泊是节日活动船只的常驻位置。在多数节日期间，这里会出现装饰风格各异的小船，玩家可直接与之互动获取免费魔法。这些船只不仅是功能性的存在，更承载着季节庆典的氛围营造功能。其外观会随活动主题变化，成为玩家记录游戏历程的视觉符号。
沉船图作为墓土的标志性场景，本身也构成特殊的船只景观。这艘巨大的搁浅沉船周围分布着多个光之翼收集点，玩家在探索时需注意冥龙的巡逻路线。完成探索后，可返回遗忘方舟的小船停泊点，通过坐下互动回到初始位置。这种设计形成了闭环的探索路径，体现了游戏场景布局的逻辑性。
纸船系统是游戏中特殊的社交载体，虽非实体船只，但延续了船的意象。玩家可在显眼且人流密集的区域如云野大厅放置纸船留言，优质内容更容易获得他人点赞。纸船的显示机制具有特定规则，留言类型和摆放位置共同决定了其可见度与互动效果。这种设计将船只概念延伸至社交层面，丰富了玩家的互动方式。
