棉衣马超作为少年三国志2中的高品质武将，虽然在输出和增益方面表现突出，但围绕他构建的阵容仍存在一些明显的局限性。这类阵容通常以高爆发为核心思路，依赖马超的标记机制和连击特性，但在实战中容易受到特定战术和阵容的针对。
棉衣马超阵容的劣势首先体现在防御体系的脆弱性上。尽管马超自身能为同列友军提供减伤效果，但该效果存在单次伤害上限的限制，面对多段高频率的群体攻击时容易快速崩盘。阵容中的辅助武将如闭月貂蝉或千幻左慈虽然能补充控制或治疗，但整体防御属性仍逊色于专职坦克为核心的阵容。当遭遇以周泰、典韦等防御型武将为主的队伍时，棉衣马超阵容的爆发节奏容易被拖延，陷入持久战后劣势逐渐显现。
该阵容对怒气循环的依赖性较强。棉衣马超需要持续释放怒气技能来叠加枪伤标记，若遭遇减怒或沉默控制会极大影响输出效率。虽然部分搭配会加入庞统等回怒武将作为解决方案，但这又进一步压缩了阵容的灵活性。在面对带有张辽、夏侯渊等减怒特性的魏国阵容时，棉衣马超的输出链容易被打断，三层标记的真伤效果难以稳定触发。
另一个关键问题在于阵容的泛用性局限。棉衣马超的标记机制要求集中攻击特定目标，在应对多核心阵容时显得力不从心。当敌方存在赵云、吕布等高威胁武将时，马超难以同时压制多个目标，容易被对方剩余武将反制。该阵容对站位顺序较为敏感，若核心输出位被先手控制或集火，整体战术体系就会崩溃。
